Оставшиеся после разрушения корпуса Кимляйского монастыря были приспособлены под детские дома. На территории Александро-Невского монастыря расположился Кимляйский детский дом № 5. Подробных седений за тот период мало. Воспитывались здесь дети от 3 до 7 лет. Известно, что в 40-х годах полложительно зарекомендовала себя старшая его воспитательница Златомрежева А. В послевоенные годы директорами были Шапошникова З.А. и Битейкина А.П. С 1963 по 1983 гг. управляла детским домом Данкина Л.И. При ней колличество детей составляло 108 человек. По достижении семилетнего возраста дети перевозились в Рузаевский детский дом. Туда же перевезены были все воспитанники в 1883 году, когда детский дом закрыли. Два корпуса, доставшиеся в наследие детскому дому, вскоре были полностью разрушены и разворованы. В 1996 году о некогда существавшем монастыре напоминала одна лишь заросшая кустарником четвертая часть игуменского корпуса.
В 1997 году началась новая страница в истории Александро-Невской обители на Флегонтовой горе, но теперь уже мужской. К этому времени уже почти не осталось людей, которые ещё помнили о существовании монастыря. Но святое место пустым не бывает. Настоятель Свято-Серафимовского храма г. Ковылкино протоиерей Олег Букарев и Архимандрит Серафим (Новаковский), в то время находившийся на должности духовника того же храма, заинтересовались разрушенной обителью. Возглавлявший Саранскую Епархию Преосвященнейший Епископ Саранский и Мордовский Варсонофий, посетив Флегонтову гору, благословил возрождение здесь монастыря. Посильная помощь в её возрождении была оказана Юрием Дмитриевичем Тарасовым (на тот момент жителем г. Ковылкино). Так же с большим воодушевлением помогали в расчистке территории прихожане Свято-Серафимовского храма — жители г. Ковылкино и села Порапино. При принятии решения о ходе восстановительных работ было два варианта. Первый — попытаться восстановить половину здания игуменского корпуса, засвидетельствовав тем самым почтение к неусыпным трудам сдесь подвизавшихся когда-то сестер, и тем самым получив от них некую преемственность. Второй — сравнять с землёй оставшиеся руины и начать строить заново. С благословения Правящего Архиерея, выбран был первый вариант. Уже с первых дней восстановительных работ начала собираться и братия монастыря. Пока шли строительные работы на горе, насельники обители проживали в небольшом деревянном домике, на две комнаты, находящемся у подножия горы в деревне Кимляй. Одна его половина (неотапливаемая), служила для совершения богослужений, а во второй (с печным отоплением), находились Наместник с братией. В особо холодное время приходилось совершать богослужение и в жилой части помещения. С лета 1997 года по весну 1998 года левая часть игуменского корпуса была восстановлена, в верхнем этаже которой 03.06.1998 г. Высокопреосвященнейшим Архиепископом Варсонофием был освящен храм во имя Св. блгв. кн. Александра Невского, а на нижнем этаже расположились библиотека, четыре келии, трапезная и кухня. У насельников монастыря появилась возможность переселиться на гору. Появилось небольшое хозяйство. Благодетелями были пожертвованы лошадь и несколько голов рогатого скота. Летом 1999 г. на вершине Флегонтовой горы, месте подвигов старца, Тарасовым Ю.Д. был построен Храм-Часовня и 26 сентября того же года освящен Высокопреосвященнейшим Архиепископом Варсонофием во имя Св. блгв. кн. Георгия Владимирского с награждением строителя Тарасова Ю.Д. медалью кн. Даниила Московского. На доброхотные пожертвования удалось устроить в Александро-Невском домовом храме резной иконостас. Работа по его изготовлению была выполнена мастерами р/п Зубово-Поляна Республики Мордовия. Ими же были изготовлены резные жертвенник, облачение на престол, аналои, гробница и клирос. Жителями окрестных сел возвращены две иконы, писанные матушками в иконописной мастерской обители. Это икона Божией Матери «Взыскание погибших» и Собора Архангела Михаила. В 2004 году работы по благоукрашению Александро-Невского храма монастыря были завершены.
В 2008 году возникла идея построить церковь на месте разрушенного соборного храма обители. За проект был взят уже некогда построенный храм в честь Св. равноап. вел. кн. Ольги г. Железноводска. Архимандрит Серафим (в то время протоиерей Георгий) руководил постройкой данного храма, что явилось ключевым моментом и в выборе проекта для Кимляйского монастыря. Храм планируется освятить в честь Св. прп. Антония Киево-Печерского. Нашлись добрые люди, взявшие на себя реализацию проекта. В 2009 году, с благословения Архиепископа Варсонофия, началось строительство. Была спланирована территория и залит фундамент. В 2010 году было закончено возведение стен храма и начались работы по изготовлению крестов, куполов, барабанов и кровли. В январе 2011 года пять золотых крестов венчали купола нового храма. В 2012 году было закончено оштукатуривание внутренних и наружних стен. Пол храма был выложен керамогранитом, а подпрестолье и панели в иконостас были изготовлены из природного камня. Необычным явился выбор материала для изготовления иконостаса и других принадлежностей храма, а именно кованное железо. Трудами кузнецов г. Ковылкино данная идея получила воплощение. В своей основе храм представляет собой четырехугольник, покрытый четырехскатной крышей и увенчанный пятью главками. Главки состоят из высокого барабана и куполов в форме луковицы. Размер храма 25,8 х 9,6 м. Высота до донца креста составляет 21 м. С востока к церкви примыкает алтарь, а с запада притвор. Обе абсиды шестигранной формы. Фасады церкви украшены красивым карнизом с рядом кокошников. Большие арочные окна и двери церкви обведены несколькими вставленными одна в другую арками. В храме ведутся иконописные работы. К 2014 г. полностью расписан Алтарь. Ведется роспись притвора.
Параллельно со строительством храма велись работы по благоустройству святого источника монастыря, именуемого в народе «Флегонтов». В 2009 году к святому источнику была установлена металлическая лестница со 114 деревянными ступенями. Тогда же был залит фундамент под купальню и поставлен, для этой цели, деревянный сруб. В дальнейшем на купальню была одета крыша из металла и облагорожена плиткой купель.
Осенью 2012 года со стороны алтарной абсиды нового соборного храма, на расстоянии от неё в 20 метрах, началось строительство двухэтажного каменного игуменского корпуса размерами 17,1 х 11,4 метров с цокольным третьим этажом.
В конце декабря 2012 г. произошел пожар в братском корпусе монастыря с домовым храмом в честь св. блгв. кн. Александра Невского, в результате чего корпус полностью сгорел. Удалось спасти церковное имущество, в том числе резной иконостас. До Пасхи 2013 г. братия проживала у жителей д. Кимляй, затем переселилась в новый корпус, строительство которого было начато ранее. В 2014 г. планируется полное завершение его строительства.
В 2014 г. к монастырю был подведен газопровод. Жилой корпус монастыря уже отапливается газом.
В 2014 г. планируется начать работы по восстановлению сгоревшего корпуса с восстановлением в нем, как и прежде, домового храма в честь св. блгв. кн. Александра Невского.